Презентации и данные

1. Знакомство с многомерными данными

install.packages("vegan")

Презентация html
код R
Фауна Долгой губы (Данные В.М.Хайтова)
- dolg_abundance.txt
- dolg_hydrology.txt

Данные для самостоятельной работы

Обилие полихет на литорали Белого моря (Данные В.М.Хайтова)
- Polychaetes_species.csv
- параметры среды Polychaeta_env.csv

2. nMDS, envfit, ordisurf

# Чтение файлов
install.packages("readxl")

# Обработка данных
install.packages("tidyr")
install.packages("dplyr")
install.packages("broom")

# Карты
install.packages("ggmap")

# Графики из vegan при помощи ggplot2
install.packages("devtools")
devtools::install_github("gavinsimpson/ggvegan")

Презентация html
код R
Данные для карты
- data/dist_spb.xlsx
- dist_spb_dat.RData
Данные о симбионтах мидий из работы Krapivin, V. A., Bagrov, S. V., & Varfolomeeva, M. A. (2018). Effect of tidal level on abundance of symbionts in the White Sea blue mussel. Diseases of aquatic organisms, 130(2), 131-144.
- Krapivin_2017_Medulis-symb.tab

Данные для самостоятельной работы

Растительные сообщества во франции La Mafragh (Annaba, Algérie). Данные из работы de Belair, G. and Bencheikh-Lehocine, M. (1987) Composition et déterminisme de la végétation d’une plaine côtière marécageuse : La Mafragh (Annaba, Algérie). Bulletin d’Ecologie, 18, 393–407.
- mafragh_species.csv
- параметры среды mafragh_env.csv
Деревья на острове Barro Colorado. Данные из работы Condit, R, Pitman, N, Leigh, E.G., Chave, J., Terborgh, J., Foster, R.B., Nuñez, P., Aguilar, S., Valencia, R., Villa, G., Muller-Landau, H.C., Losos, E. & Hubbell, S.P. (2002). Beta-diversity in tropical forest trees. Science 295, 666–669.
- BCI_species.csv
- параметры среды BCI_env.csv

3. Связь между наборами данных. Тест Мантела. ANOSIM, SIMPER

# Пермутационные тесты
install.packages("coin")

Презентация html
код R
Данные

Данные для самостоятельной работы

Растительные сообщества во Франции La Mafragh (Annaba, Algérie). Данные из работы de Belair, G. and Bencheikh-Lehocine, M. (1987) Composition et déterminisme de la végétation d’une plaine côtière marécageuse : La Mafragh (Annaba, Algérie). Bulletin d’Ecologie, 18, 393–407.
- mafragh_species.csv
- параметры среды mafragh_env.csv
Деревья на острове Barro Colorado. Данные из работы Condit, R, Pitman, N, Leigh, E.G., Chave, J., Terborgh, J., Foster, R.B., Nuñez, P., Aguilar, S., Valencia, R., Villa, G., Muller-Landau, H.C., Losos, E. & Hubbell, S.P. (2002). Beta-diversity in tropical forest trees. Science 295, 666–669.
- BCI_species.csv
- параметры среды BCI_env.csv
Сообщества макробентоса в друзах мидий. Данные из работы Хайтов В. М., Артемьева А. В., Фокин М. В., Яковис Е. Л. Структурно-динамическая организация консорциев друз Mytilus edulis на литорали губы Долгой острова Большого Соловецкого. Ч. II. Структура и динамика сообщества, связанного с друзами Вестн. С.-Петерб. ун-та. Сер. 3. 2002. Вып. 4 (№ 27). С. 18−29.
- mussel_patches.csv
Сообщества лишайников на стволах сосен и елей в Северной Швеции. Данные из работы Bäcklund, S., Jönsson, M., Strengbom, J., Frisch, A., & Thor, G. (2016). A pine is a pine and a spruce is a spruce–the effect of tree species and stand age on epiphytic lichen communities. PloS one, 11(1), e0147004.
- Backlund_et_al_2016_PLOS.XLSX
Сообщества макробентоса в экспериментах с искусственно созданными друзами мидий. Данные из работы Хайтов В. М.Бровкина Ю.Б. Механизмы заселения друз Mytilus edulis Linnaeus, 1758 (Bivalvia: Mytilidae) обитателями беломорского песчаного пляжа // БИОЛОГИЯ МОРЯ, 2014. — Vol. 40, — № 4. — P. 302-308
- mussel_experiment.csv

4. PERMANOVA

install.packages("readxl")

Презентация html
код R
Данные
- pesch.csv
- simulated_data.csv

Данные для самостоятельной работы

Пояснения к датасетам и задание
Влияние выпаса скота на зообентос рек о.Тасмания. Данные из работы Magierowski, RH, Davies, PE, Read, SM (2015). Biological and physical data collected from river sites selected across a gradient of catchment area under grazing in northern Tasmania., Version 1. http://doi.org/10.4227/05/54BEEE248D22B. ÆKOS Data Portal, rights owned by University of Tasmania. Accessed 02 Mar 2017.
- Grazing_Magierowski_et_al_2015.xls
Гематология сонных ящериц Tiliqua rugosa. Данные из работы Smyth, A. K., Smee, E., Godfrey, S. S., Crowther, M., Phalen, D. (2014). Haematology of the Sleepy Lizard (Tiliqua rugosa) in Australia’s cereal croplands, 2010, Version 1.0. http://doi.org/10.4227/05/537C5C5553F9E. ÆKOS Data Portal, rights owned by University of Adelaide, University of Sydney, Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation. Accessed 03 Mar 2017.
- Sleepy lizard.xlsx

5. Кластерный анализ

install.packages(c("candisc", "ape", "dendextend", "cluster", "pvclust", "factoextra", "dbscan", "scatterpie"))

Презентация html
код R

Данные для самостоятельной работы

Сообщества фораминифер_. Данные из работы Golikova, E., Varfolomeeva, M., Yakovis, E., & Korsun, S. (2020). Saltmarsh foraminifera in the subarctic White Sea: Thrive in summer, endure in winter. Estuarine, Coastal and Shelf Science, 238, 106685.
- Golikova_etal_2020_cluster_data.csv

6. Основы линейной алгебры

install.packages("jpeg")

Презентация html
код R
Данные
- Матрица 1
- Матрица 2
Презентация html
код R
RMD-файл с рассказом о фотографиях, как матричных объектах. После knitr дает интерактивный html-файл RMD
Данные
- Матрица 1
- Матрица 2

Данные для самостоятельной работы

7. Анализ главных компонент (Principal Component Analysis, PCA) и (геометрическая) морфометрия

install.packages(c("cowplot", "geomorph", "gridGraphics"))

Презентация html
Код: 08_PCA_geom_morph.R
Данные:
Задание: 08_PCA_tasks.R

8. Корреспондентный анализ (Corespondence Analysis, CA)

install.packages("ade4")

Данные для самостоятельной работы

Растительные сообщества во франции La Mafragh (Annaba, Algérie). Данные из работы de Belair, G. and Bencheikh-Lehocine, M. (1987) Composition et déterminisme de la végétation d’une plaine côtière marécageuse : La Mafragh (Annaba, Algérie). Bulletin d’Ecologie, 18, 393–407.
- mafragh_species.csv
Крысы.
- bolger1.csv
Бабочки.
- butterfly{ade4}

9. Анализ избыточности (Redundancy analysis, RDA)

Презентация html
код R
Данные butterfly{ade4}

Данные для самостоятельной работы

Влияние выпаса скота на зообентос рек о.Тасмания. Данные из работы Magierowski, RH, Davies, PE, Read, SM (2015). Biological and physical data collected from river sites selected across a gradient of catchment area under grazing in northern Tasmania., Version 1. http://doi.org/10.4227/05/54BEEE248D22B. ÆKOS Data Portal, rights owned by University of Tasmania. Accessed 02 Mar 2017.
- Grazing_Magierowski_et_al_2015.xls
Морфометрия поссумов в Австралии. Данные из работы Lindenmayer, D. B., Viggers, K. L., Cunningham, R. B., and Donnelly, C. F. 1995. Morphological variation among columns of the mountain brushtail possum, Trichosurus caninus Ogilby (Phalangeridae: Marsupiala). Australian Journal of Zoology 43: 449-458.

install.packages("DAAG")

possum{DAAG}
possumsites{DAAG}

10. Канонический корреспондентный анализ и анализ избыточности, основанный на расстоянии

10.1 Канонический корреспондентный анализ (Canonical Correspondence Analysis, CCA)

install.packages("DAAG")
install.packages("akima")
install.packages("reshape2")

Презентация html
код R

Данные для самостоятельной работы

Влияние выпаса скота на зообентос рек о.Тасмания. Данные из работы Magierowski, RH, Davies, PE, Read, SM (2015). Biological and physical data collected from river sites selected across a gradient of catchment area under grazing in northern Tasmania., Version 1. http://doi.org/10.4227/05/54BEEE248D22B. ÆKOS Data Portal, rights owned by University of Tasmania. Accessed 02 Mar 2017.
- Grazing_Magierowski_et_al_2015.xls
Фауна Долгой губы (Данные В.М.Хайтова)
- dolg_abundance.txt
- dolg_hydrology.txt
Обилие полихет на литорали Белого моря (Данные В.М.Хайтова)
- Polychaetes_species.csv
- параметры среды Polychaeta_env.csv
Растительные сообщества во франции La Mafragh (Annaba, Algérie). Данные из работы de Belair, G. and Bencheikh-Lehocine, M. (1987) Composition et déterminisme de la végétation d’une plaine côtière marécageuse : La Mafragh (Annaba, Algérie). Bulletin d’Ecologie, 18, 393–407.
- mafragh_species.csv
- параметры среды mafragh_env.csv
Деревья на острове Barro Colorado. Данные из работы Condit, R, Pitman, N, Leigh, E.G., Chave, J., Terborgh, J., Foster, R.B., Nuñez, P., Aguilar, S., Valencia, R., Villa, G., Muller-Landau, H.C., Losos, E. & Hubbell, S.P. (2002). Beta-diversity in tropical forest trees. Science 295, 666–669.
- BCI_species.csv
- параметры среды BCI_env.csv

10.2 Анализ избыточности, основанный на расстояниях (distance-based Redundancy Analysis, dbRDA)

Презентация html
код R
Данные
- varespec{vegan}
- varechem{vegan}

Данные для самостоятельной работы

Данные из работы Verneaux, J. (1973) Cours d’eau de Franche-Comté (Massif du Jura). Recherches écologiques sur le réseau hydrographique du Doubs. Essai de biotypologie. Thèse d’état, Besançon. 1–257.
- doubs{ade4}

11. Современные методы анализа многомерных данных

11.1 Филогенетический анализ в R: визуализация деревьев

install.packages(c("seqinr", "adegenet", "phangorn", "BiocManager", "ggpubr", "phytools"))
BiocManager::install(c("treeio", "ggtree"))

Презентация html
Код 13_Phylogeny_code.R
Данные:
- Файл с GeneID из GenBank genbank_ids.txt
- Выравнивание alignment.fasta
- Дерево GTR + I + G gtr_tree.nex.con.tre
- Дерево JC69 jc69.treefile

Данные для самостоятельной работы

Филогения Digenea с акцентом на семейство Zoogonidae (из статьи Kremnev, G., Gonchar, A., Uryadova, A., Krapivin, V., Skobkina, O., Gubler, A., & Krupenko, D. (2023). No Tail No Fail: Life Cycles of the Zoogonidae (Digenea). Diversity, 15(1), 121. https://www.mdpi.com/1424-2818/15/1/121)
- Выравнивание zoo_alignment.fasta
- Дерево, построеное ML ml_tree.nex
- Дерево, построенное байесовским методом bayes_tree.nex

11.2 Анализ микробиомных данных

install.packages(c("tidyr", "devtools", "RRPP", "remotes"))
devtools::install_github("gmteunisse/fantaxtic")
remotes::install_github("vmikk/metagMisc")
BiocManager::install("phyloseq") # или
devtools::install_github("phyloseq/joey711")

Код 13_Micro.Rmd, html-версия 13_Micro.html
Данные:

multivar by Marina Varfolomeeva, Vadim Khaitov, and Yuta tamberg is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.