Презентации и данные

1. Знакомство с многомерными данными

install.packages("vegan")

2. nMDS, envfit, ordisurf

# Чтение файлов
install.packages("readxl")

# Обработка данных
install.packages("tidyr")
install.packages("dplyr")
install.packages("broom")

# Карты
install.packages("ggmap")

# Графики из vegan при помощи ggplot2
install.packages("devtools")
devtools::install_github("gavinsimpson/ggvegan")

3.1 Связь между наборами данных. Тест Мантела. ANOSIM, SIMPER

# Пермутационные тесты
install.packages("coin")

3.2 PERMANOVA

install.packages("readxl")

4. Основы линейной алгебры

install.packages("jpeg")

5. Анализ главных компонент (Principal Component Analysis, PCA) и (геометрическая) морфометрия

install.packages(c("cowplot", "geomorph", "gridGraphics"))

6. Корреспондентный анализ (Corespondence Analysis, CA)

install.packages("ade4")

7. Анализ избыточности (Redundancy analysis, RDA)

install.packages("DAAG")

8. Канонический корреспондентный анализ и анализ избыточности, основанный на расстоянии

8.1 Канонический корреспондентный анализ (Canonical Correspondence Analysis, CCA)

install.packages("DAAG")
install.packages("akima")
install.packages("reshape2")

8.2 Анализ избыточности, основанный на расстояниях (distance-based Redundancy Analysis, dbRDA)

9. Кластерный анализ

install.packages(c("candisc", "ape", "dendextend", "cluster", "pvclust", "factoextra", "dbscan", "scatterpie"))

10. Современные методы анализа многомерных данных

10.1 Филогенетический анализ в R: визуализация деревьев

install.packages(c("seqinr", "adegenet", "phangorn", "BiocManager", "ggpubr", "phytools"))
BiocManager::install(c("treeio", "ggtree"))

10.2 Анализ микробиомных данных

install.packages(c("tidyr", "devtools", "remotes"))
BiocManager::install("phyloseq")
# или
devtools::install_github("phyloseq/joey711")
BiocManager::install('RRPP')
devtools::install_github("gmteunisse/fantaxtic")
remotes::install_github("vmikk/metagMisc")

multivar by Marina Varfolomeeva, Vadim Khaitov, and Yuta tamberg is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.