Часть 1. Создание html документа

В этой части курса мы учимся создавать простейшие html документы, используя язык разметки документов rmarkdown

Материалы для упражнения

Задание:

  1. Создайте новый RMD документ
  2. Далее заполните его содержимым статьи, текст которой в формате Word можно скачать ниже. При заполнении используйте ту разбивку на части, которые есть в исходной работе.
  3. Создайте рисунок №2 и рисунок №4 прямо из R-кода.
  4. Создайте таблицу №3 с помощью генератора таблиц, представленного на сайте (https://www.tablesgenerator.com/markdown_tables)
  5. Создайте таблицу №1 и таблицу №2 прямо из R-кода.
  6. Остальные рисунки создайте как вставку рисунка из jpg-файла.

Результаты работы над упражнением

Домашнее задание по итогам работы

  1. Доделайте все до конца.
  2. В итоговый RMD файл, сразу перед первым чанком поставьте кусочек кода, который приведен ниже. Это позволяет менять параметры текста в html документе.
  3. Меняя указанные в этом коде параметры, добейтесь наилучшего вида для финального документа.
  4. Полученный html файл пришлите мне до следующего занятия.

Вот код, который надо вставить

<style type="text/css">

body{ /* Normal  */
      font-size: 18px;
  }
td {  /* Table  */
  font-size: 20px;
}
h1.title {
  font-size: 38px;
  color: DarkRed;
}
h1 { /* Header 1 */
  font-size: 28px;
  color: DarkBlue;
}
h2 { /* Header 2 */
    font-size: 22px;
  color: DarkBlue;
}
h3 { /* Header 3 */
  font-size: 18px;
  font-family: "Times New Roman", Times, serif;
  color: DarkBlue;
}
code.r{ /* Code block */
    font-size: 12px;
}
pre { /* Code block - determines code spacing between lines */
    font-size: 14px;
}
</style>

Сданные ДЗ.

Вот Анка и Слава - молодцы! Остальные… Господа, ДЗ надо делать и присылать.

Часть 2. Работа с библиографией

В этой части курса мы научимся автоматически управлять форматом и стилем списка литературы и ссылками в тексте работы.

Первый шаг - это научиться создавать файл с тегами, описывающими литературные источники. В последствии мы научимся делать это автоматически из библиографической базы типа Mendeley или Zotero. Однако для начала это надо будет сделать вручную.

Домашнее задание по итогам работы 5.02.2019

  1. Создайте в блокноте файл my_bibliography.bib (лучше называть его как-то стандартно).
  2. По всем статьям, которые цитируются в том файле, с которым мы работаем, надо найти ссылки в поисковике google Академия.
  3. Скопируйте ссылки в формате bibTeX
  4. Вставьте эти ссылки в в файл my_bibliography.bib.
  5. Для русскоязычных статей, скорее всего, ничего нормального в google Академия вы не найдете. Поэтому создайте их описание в формате bibTeX ручками по образу и подобию английских ссылок.
  6. Готовый файл, включающий все ссылки, пришлите мне до следующего вторника.

На всякий случай, вот последняя версия RMD файла, который мы сотворили. Можете ее использовать. - Слава RMD

Создаем список литературы

Часть 3. Формируем список литературы в html-документе

Вот текущий код, в котором показано, как вставляются бибилографические ссылки, находящиеся в файле .bib, в текст RMD в соответствии со стилем, принятым в том или ином журнале

Домашнее задание по итогам работы 12.02.2019

  1. Доработать файл .bib так, чтобы в итоговом html-документе не было проблем со списком литературы (внимательно смотрите, чтобы те слова, которые пишутся с большой буквы, писались с большой буквы, а то, что надо писать курсивом, было написано курсивом)

  2. Найти и скачать .csl файлы, соответствующие трем вариантам стилей цитирования: ссылки номерами в алфавитном порядке, ссылки номерами в порядке упоминания, автор-год.

  3. Прислать мне итоговый .bib и три .csl файла.

Часть 4. Превращаем RMD в DOC

В этой части курса мы научимся превращать наш RMD в документ Word. Для этого будем использовать RMD-шник Маси и ее дополнительные материалы (она первая прислала ДЗ, поэтому ей и тапочки).

Внимание! Как выяснилось, Масин RMD-файл содержит пути к файлам, которые у других людей могут быть иные. Поэтому скачивайте тот файл, который сейчас висит на этом сайте (см. выше).

В этом файле теперь внесены изменения, которые позволяют непринужденно из html-файла получать docx-файл. Изменении нужно внести только в параметре “output:”.

Дальнейшая доработка напильником сводится к настройке файла-шаблона, имя которого указывается в параметре “reference_docx:”. Как настроить этот файл-шаблон смотрите сюда

https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/word-document.html

А вот здесь чудесное видео от великого Yihui Xie

https://vimeo.com/110804387

ДЗ

Доработать Масин RMD так, чтобы из него получался автоматом хороший и красивый вордовский документ. Если кто-нибудь поймет, как обуздать проблему с таблицами, которые будут вставляться плохо (надо будет дорабатывать уже в ворде), то я буду очень признателен.

В качестве стиля цитирования используйте ecology.csl.

Данные для работы